Die Koptische Sammlung im 2. Obergeschoss bietet einen repräsentativen Querschnitt durch die ägyptische Kunst und Kultur des ersten nachchristlichen Jahrtausends. Vertreten sind Steinmetzarbeiten, Mumienporträts, Architekturfragmente, Gegenstände aus Bronze, Ton und Glas sowie Textilien. Die Artefakte dokumentieren den Übergang von der heidnischen Spätantike zum frühen Christentum. Die ca. 80 Werke umfassende Abteilung ist die bedeutendste Sammlung koptischer Kunst in Nordrhein-Westfalen.
Zu den ältesten Exponaten (1.–3. Jh. n. Chr.) zählen Zeugnisse des vorchristlichen Totenkults, der in pharaonischen Glaubensvorstellungen wurzelt. Dabei handelt es sich beispielsweise um Grabreliefs aus den Nekropolen Unter- und Mittelägyptens oder Mumienporträts, die in den Gräbern wohlhabender Bewohner der Faijum-Oase gefunden wurden.
Ab dem 6. Jh. finden sich neben den gewohnten antiken Themen aus den Bereichen der Mythologie oder der Jagd nun auch christliche Motive, etwa Kreuze oder biblische Szenen wie die Darstellung Daniels in der Löwengrube. Die Abkehr von naturalistischen Formen, ein verstärkter Hang zum Ornamentalen und eine Tendenz zur Verflachung verleihen der spätantiken und frühchristlichen Kunst Ägyptens ihre besonderen Eigenheiten.
